Pada tanggal 18 Pebruari 2004, seorang Hakim Internasional di Panel-Panel Khusus untuk Kejahatan Berat menanggapi sebuah mosi yang diajukan oleh Wakil Jaksa Penuntut Umum untuk Kejahatan Berat pada tanggal 28 Januari 2004 yang memohon sebuah hearing terbuka mengenai permohonan surat perintah penangkapan terhadap Jenderal Wiranto. Dalam sebuah keputusan tertulis, Hakim Panel Khusus menolak mosi Wakil Jaksa Penuntut Umum dengan argumen, inter alia, bahwa permohonan untuk hearing lisan tersebut tidak diatur dalam regulasi-regulasi Panel-Panel Khusus.

Sebagai klarifikasi akan status kasus Jenderal Wiranto pada saat ini, surat dakwaan melawan Jeneral Wiranto dan permohonan surat perintah penangkapan masih menunggu keputusan di Panel Khusus untuk Kejahatan Berat.

Surat dakwaan yang diajukan melawan Jenderal Wiranto, 6 komandan militer Indonesia berpangkat tinggi lain serta satu pejabat orang Timor Leste telah diajukan ke Panel Khusus untuk Kejahatan Berat pada tanggal 24 Pebruari
2003. Surat dakwaan tersebut menuduh bahwa berdasarkan hukum internasional, Jenderal Wiranto, pada saat tersebut Menteri Pertahanan dan Panglima Tentara Nasional Indonesia, bertanggung jawab atas Kejahatan Terhadap Kemanusiaan: pembunuhan, deportasi dan persekusi karena tidak menghukum atau mencegah kejahatan yang dilakukan oleh bawahannya atau mereka yang bertindak dibawah pengendaliannya selama periode sebelum dan setelah jajak pendapat pada tahun 1999 di Timor Leste.