Às 9:00h do dia 17 de Fevereiro de 2004, os juízes dos painéis especiais para crimes graves condenaram Lino de Carvalho por homicídio como crime contra a humanidade. O ex-comandante da milícia Saka Loromonu em Batugaden, no Distrito de Bobonaro, tinha-se confessado culpado pelo homicídio do apoiante da independência Sabino Pereira, de Maliana, na Vila de Palaka, no Sub-distrito de Balibo, a 6 de Setembro de 1999. Tendo em consideração a sua confissão de culpado, o painel de três juízes dos painéis especiais para crimes graves sentenciaram Lino de Carvalho a 7 anos de prisão.

O julgamento de Lino de Carvalho tinha sido iniciado a 19 de Fevereiro de 2002, tendo depois sido adiado. Com a saída de um dos juízes internacionais do painel especial do painel inicial de juízes, o julgamento recomeçou a 16 de Fevereiro de 2004 num outro painel especial de juízes.

A 16 de Fevereiro de 2004, Lino de Carvalho confessou-se culpado por um ponto de acusação como crime contra a humanidade, tal como o indiciado na acusação da UCG submetida a tribunal em Maio de 2001. A acusação alega que os membros da milícia Saka Loromonu de Batugade, incluindo o acusado, raptaram Sabino Pereira, de Atambua, em Timor Ocidental, Indonésia, para onde tinha fugido em Setembro de 1999. É alegado que Pereira foi levado para a sede da milícia Saka Loromonu em Batugade, Timor-Leste, onde foi supostamente espancado de forma severa, e onde foram dadas ordens pelo comandante da milícia Saka Loromonu, Ruben Monteiro Gonçalves, para matar Pereira. Sabino Pereira foi levado para a Vila Palaka onde foi esfaqueado até à morte pelo acusado e outros membros da milícia. A vítima foi mais tarde decapitada.

No acordo de confissão de culpado entre a UCG e o acusado e o seu advogado de defesa, a acusação da UCG concordou em remover dois pontos de acusação de actos desumanos como crimes contra a humanidade contra o acusado devido à sua confissão de culpado pelo ponto de acusação de homicídio. Na acusação da UCG o acusado tinha sido acusado pelo rapto e espancamento de apoiantes da independência a 14 de Abril de 1999, e pelo rapto e espancamento de quatro professores a 7 de Maio de 1999, pelas forças armadas indonésias (TNI) e membros da milícia, incluindo o arguido na sede da milícia Firmi em Balibo, no Distrito de Bobonaro.

A acusação original da UCG de Maio de 2001 também acusa os ex-comandantes da milícia Saka Loromonu, Ruben Monteiro Gonçalves e Ruben Tavares, por um ponto de acusação como crime contra a humanidade pelo homicídio de Sabino Pereira e três pontos de acusação por actos desumanos como crimes contra a humanidade, incluindo os mencionados acima. Os investigadores da UCG acreditam que os dois acusados vivem actualmente em Atambua, em Timor Ocidental, Indonésia.

No processo da UCG, não interligado, em relação ao rapto e ao desaparecimento do apoiante da independência Longuinhos da Silva de Jesus, na área de Hera, em Díli, a acusação da UCG removeu acusações contra quatro acusados ex-membros da milícia Aitarak, numa audiência preliminar realizada no painel especial para crimes graves a 12 de Fevereiro de 2004. A acusação da UCG removeu acusações de perseguição como crime contra a humanidade contra os quatro acusados porque os factos alegados na acusação não se enquadravam nos requisitos de gravidade necessários para provar uma acusação por perseguição como crime contra a humanidade.

Antes da remoção das acusações contra Domingos Amati, António Maukasa, Jorge Manuel Lopes e José Lopes, os quatro acusados tinham sido acusados por perseguição como crime contra a humanidade pelo rapto do apoiante da independência, Longuinhos da Silva de Jesus. A vítima foi alegadamente espancada pelos quatro homens e levada para o Recinto Rajawali das Forças Armadas Indonésias (TNI), em Hera, na área de Díli, a 1 de Maio de 1999.

Enquanto que as acusações contra os quatro acusados foram removidas, foi submetida uma acusação contra Mateus Carvalho, Comandante da Companhia D da Milícia Aitarak junto dos Painel Especial para crimes graves, a 25 de Setembro de 2003. O comandante da milícia Aitarak da companhia D - Mateus de Carvalho é acusado com outros pontos de acusação por crimes contra a
humanidade, incluindo o rapto e o desaparecimento de Longuinhos da Silva de Jesus, a 1 de Maio. A acusação alega que a vítima foi levada de do Posto Rajawali das TNI em Hera por Mateus de Carvalho e que o corpo da vítima foi encontrado 3 dias depois na praia de Hera. Os investigadores da UCG acreditam que Mateus de Carvalho permanece em parte incerta em Timor Ocidental, Indonésia.

Um dos acusados no caso removido, Domingos Amati, permanece acusado em duas outras acusações da UCG. Numa acusação, Amati é acusado juntamente com Francisco Matos pelo homicídio de António Pinto Soares, na área de Hera, em Díli, a 5 de etembro de 1999. A isto seguiu-se uma decisão do Tribunal de Recurso, em Dezembro de 2003, que anulou um anterior indeferimento da
acusação da UCG a 11 de Julho de 2003. O restabelecimento da acusação significa que Domingos Amati e Francisco Matos irão futuramente enfrentar um julgamento pelo homicídio de António Pinto Soares nos painéis especiais para crimes graves.

Numa outra acusação, Domingos Amati é acusado, juntamente com outros sete, por dois pontos de acusação por crimes contra a humanidade, envolvendo a alegada perseguição por rapto, e a tortura de Sebastião Gusmão e Thomas Ximenes no recinto das TNI em Akanunu, no Distrito de Díli, a 8 de Maio de 1999. O julgamento está marcado para ter início nos inícios de Maio de 2004, no painel especial para crimes graves.

Desde que se iniciaram os julgamentos nos painéis especiais para crimes graves em Timor-Leste, em 2001, um total de 48 arguidos foram até hoje condenados, tendo um deles sido absolvido. Os painéis especiais para crimes graves são compostos por dois juízes internacionais e um juiz timorense. Actualmente, 13 julgamentos, com um total de 31 arguidos estão a ter lugar ou estão marcados para começar nos painéis especiais para crimes graves nos meses que se seguem.

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