Proses kejahatan berat yang telah ditanggani selama ini setidaknya mengalami kemunduran. Keadaan kesulitan ekonomi Timor Leste, telah menjadi salah satu pertimbangan penting antara Presiden dan Pemerintah untuk melakukan hubungan baik dengan Indonesia ketimbang memperhatikan suara rakyat yang menanti keadilan. Satu kesan besar yang nampak bahwa: senyuman hangat antara dua mantan musuh di Bali, Presiden Xanana Gusmao dan mantan Jenderal Wiranto. Seluruh Rakyat Timor Leste, bagaimanapun, terlebih para korban sangat menyayangkan pertemuan mantan dua tokoh yang pernah bermusuhan.

Rekonsiliasi yang selama ini telah digalakkan tidak akan membawa suatu makna dengan Indonesia dan di dalam keidupan masyarakat Timor Leste sampai keadilan terwujud. Hingga saat tertentu, pertemuan dengan Wiranto memastikan keadaan ekonomi cukup stabil, tetatpi juga menyebabkan ketegangan di dalam kommunitas dan juga mengancam terciptanya proses peradilan pada masa depan yang lebih efektif. Tindakan Presiden Xanana dilakukan pada saat yang kritis. Sekretaris General PBB menunggu untuk mendirikan ‘Commission of Experts’ untuk menganalisa persidangan antara Pengadilan ad Hoc HAM di Jakarta dan Pengadilan Khusus untuk Kejahatan Berat di Dili. Jikalau komissi ini memutuskan bahwa persidangan dari kedua pengadilan tersebut belum adil, ada kemungkinan untuk meningkatkan dukungan internasional untuk persidangan pada masa depan. Tetapi bila melihat sikap Pemerintah Timor-Leste yang seolah-olah ‘memaafkan dan melupakan’ dan menunjukkan keseganan negara seperti AS untuk mengecam Indonesia, masyarakat internasional mempunyai banyak alasan untuk tidak memberi dukungan dalam proses peradilian.

Perintah penangkapan secara nasional terhadap Wiranto menjelaskan kerumitan situsasi tersebut. Perintah penangkapan dikeluarkan oleh hakim internasional yang dibiayai oleh PBB pada tanggal 10 Mei 2004. Dia bertindak di bawah otoritas pengadilan Timor-Leste. Pada hari berikutnya, Jaksa Agung memohon ijin kepada pengadilan khusus untuk merubah dakwaan Wiranto. Alasan untuk ini mungkin untuk membatalkan perintah penangkapan Wiranto. Ada kemunkinan bahwa tindakan Jaksa Agung tersebut dipengaruhi oleh tekanan politik yang semakin menguat. Setahun yang lalu dia mendukung dakwaan Wiranto dan perubahan pendapatnya mungkin dipengaruhi oleh pernyataan dari Presiden dan Pemerintah yang mengkritik perintah penangkapan. Pada saat ini, bagaimanapun. Perintah penangkapan melawan Wiranto masih berlaku karena pengadilan menolak permohonan yang diajukan oleh Jaksa-Agung.

Perintah penangkapan ini tidak akan berdampak pada negara-negara lain kecuali kalau Jaksa Agung memutuskan untuk meneruskan perintah penankapan kepada pihak INTERPOL. Hal ini tidak akan terjadi. Dan hal ini sama sekali tidak mempengaruhi, bagaimanapun, karena tugas INTERPOL bekerja sama dengan negara dan tidak ada otoritas untuk memaksa negara lain dalam hal mengirim tersangka. Tetapi ada cara lain yang dapat ditempuh, untuk melakukan persidangan jikalau dia keluar dari Indonesia, misalnya persidangan di negara pihak ketiga, mungkin menurut prinsip jurisdiksi universal di bawah hukum internasional.

Tindakan Jaksa Agung untuk mencoba membatalkan perintah penangkapan dapat dimengerti, namun tidak ada justificasi. Wiranto adalah calon yang paling kuat dalam pemilihan calon presiden Indonesia dalam beberapa hari yang akan datang, dan perintah penangkapan itu betul-betul menyudutkan Pemerintah Timor-Leste pada posisi yang sulit. Kelihatannya, bagaimanapun, bahwa Presiden dan Pemerintah melakukan tindakan yang terlalu baik hati daripada memenuhi tuntutan Indonesia. Selain dari mengurangi dampak dari situasi Wiranto yang demikian, Pemerintah pada saat ini mengabaikan tuntutan rakyat tentang keadilan. Tindakan semacam ini, merusak proses kejahatan berat dan mungkin membahayakan dukungan internasional terhadap persidangan pada masa yang akan datang.

Mungkin harapan yang paling baik adalah perubahan kebijakan Indonesia untuk bekerja sama dengan Timor-Leste untuk mengirim tersangka. Hal ini mungkin membutuhkan waktu sepuluh tahun atau lebih. Kecuali kalau Pemerintah Timor-Leste mendukung persidangan untuk orang Indonesia menurut prinsip yang kuat, kemungkinan persidangan pada masa depan akan semakin berkurang.

JSMP khawatir bahwa situasi Wiranto telah membuat hubungan buruk antara jaksa PBB dan atasannya, Jaksa Agung. JSMP percaya bahwa sekurang-kurangnya satu orang jaksa internasional telah mengundurkan diri oleh karena hal tersebut. Sepengetahuan JSMP keadaan politik yang kompleks pada saat ini, bagaimanapun hal ini penting sekali untuk diperhatikan.

JSMP mengkwatirkan mengenai campur tangan politik di dalam situasi Wiranto. Keputusan untuk mengeluarkan perintah penangkapan Wiranto adalah bukan urusan kebijakan Pemerintah tetapi hal itu diputuskan menurut undang-undang. Setiap kali Pemerintah mempengaruhi proses peradilan, ‘rule of law’ dan demokresi Timor-Leste yang semakin berkurang. Jaksa Penunutut Umum Timor-Leste, yang dibiayai PBB atau bukan, harus menjadi mandiri dari campur tangan politik untuk melakukan tugas mereka menurut hukum dan peraturan yang berlaku. Jika tidak, situasi tersebut bertentangan dengan ketentuan yang berlaku di dalam Konstitusi yang berhubungan dengan kemandirian peradilan, peran hukum internasional dan peran Pemerintah untuk menjamin hak-hak fundamental warga Negara. Oleh karena itu, JSMP mendorong para korban untuk menuntut hak-hak mereka di pengadilan sebagaimana yang diatur di dalam Konstitusi

Hal itu sulit untuk diremehkan kepentingan Indonesia untuk masa depan Timor-Leste. Bagaimanapun, rekonsiliasi yang benar hanya dapat terwujud dengan sebuah proses peradilan yang efektif untuk menangani kejahatan-kejahatan melawan kemanusian pada saat pendudukan Indonesia. Jikalau hal ini tidak terwujud, maka ketidakpuasan akan tersebar secara meluas dan ketegangan akan semakin meningkat dalam masyarakat.