Instrumen hak asasi manusia seperti Konvensi Internasional tentang Hak Sipil dan Politik membolehkan perkecualian untuk prinsip non-retrospektif untuk penuntutan kejahatan melawan kemanusiaan. Akan tetapi, kalau memakai perkecualian tersebut, ini secara jelas tidak sesuai dengan Konstitusi. Merupakan posisi yang sulit untuk diambil bagi sebuah Makamah Konstitusi yang baru dibentuk. Namun, keputusan tersebut diambil dengan mayoritas suara 5:4.

Saat ini, implikasi kasus pengeboman Bali masih belum jelas. Namun, sudah jelas bahwa keputusan Makamah Konstitusi mempunyai ikatan hukum dan oleh karena itu keputusan tersebut akan diterapkan juga terhadap kasus-kasus Pengadilan Ad Hoc Jakarta berhubungan dengan isu tentang retrospektif. Keputusan ini akan diambil secepat mungkin. Sampai disidangkannya beberapa kasus-kasus banding, dampak dari pada Pengadilan Ad Hoc Jakarta tidak dapat diselesaikan dengan tuntas. Namun tidak ada kemungkinan bahwa Makamah Konstitusi akan merubah keputusannya terhadap proses penuntutan yang terjadi dalam Pengadilan Ad Hoc Jakarta.

Kasus Pengadilan Ad Hoc Jakarta, seperti dipantau oleh JSMP, telah secara luas dianggap sebagai ejekan terhadap keadilan. Menurut pandangan JSMP, pemerintah Indonesia lebih bermaksud untuk mengadakan persidangan dengan tujuan menyenangkan masyarakat internasional daripada mengadili para perlaku senior dengan serius. Hanya satu dari mereka yang bersalah, mantan Gubernur Timor-Leste Abilio Soares, saat ini menjalani hukuman. Beliau orang Timor-Leste dan meskipun ia dihukum atas kejahatan terhadap kemanusiaan, dia dipandang oleh banyak orang sebagai kambing hitam daripada Komandan militer Indonesia. Dalam kasus lain, jaksa tidak berkeinginan untuk menuntut dan menghukum para terdakwa dengan serius. Hal ini berakibatkan bahwa pada saat ini semua terdakwa dikenakan hukuman, menuntut dengan kuat bahwa hukuman mereka harus dihapuskan.

JSMP tidak bermaksud untuk mengkritik penuntutan retrospektif terhadap para perlaku kejahatan melawan kemanusiaan, karena ini merupakan prinsip-prinsip fundamental hukum internasional yang mengharuskan dibawanya para perlaku kejahatan perang ke pengadilan. Namun, karena ada potensi bahwa Persidangan di Pengadilan Ad Hoc Jakarta dapat dianggap tidak Konstitusional, sudah sangat jelas bahwa proses ini adalah tidak adil dan adalah salah. Meskipun, Persidangan retrospektif dalam persidangan ini dapat dibenarkan, kegagalan dalam menyelesaikan ketidakpastian konstitusional merupakan sebuah kekurangan tambahan yang harus dianggap sebagai kegagalan total.

Namun, harus diingat bahwa para hakim dalam Persidangan di Pengadilan Ad Hoc Jakarta menolak argumen-argumen yang disampaikan oleh pengacara mengenai masalah retrospektif. Para hakim mengatakan bahwa aturan umum tentang hak asasia manusia yang terdapat dalam Konstitusi mengesampingkan aturan khusus mengenai penuntutan retrospektif. Sekarang Makamah Konstitusi telah menentukan posisinya dan memutuskan bahwa penuntutan retrospektif adalah tidak konstitusional. Masih belum jelas apakah keputusan tersebut juga akan diterapkan pada persidangan-persidangan yang dilakukan di Pengadilan Ad Hoc Jakarta. Dengan demikian, keadaan tersebut merupakan 'ketidakadilan yang sudah jelas' bagi ribuan korban serta para keluarga korban.

Apa yang dibutuhkan sebelum PBB bertindak? Sampai sekarang sudah ada banyak seruan baik dari Timor-Leste maupun dari seluruh masyarakat internasional untuk mendirikan sebuah Komisi Para Ahli guna menganalisa proses persidangan dilakukan di Pengadilan Ad Hoc Jakarta dan proses persidangan di Dili. Pendirian Komisi ini diharapkan akan membawa keadilan di masa yang akan datang. Terdapat kemungkinan bahwa Persidangan dilakukan Pengadilan Ad Hoc Jakarta dianggap tidak konstitusinal serta kemungkinan bahwa beberapa hukuman yang telah dijatuhkan adalah tidak benar. Hal ini harus diberikan perhatian serius dan tidak dapat dilupakan. PBB harus memastikan bahwa adanya penelitian yang cermat terhadap proses yang pada saat ini merupakan sebuah sandiwara tentang hukum pidana internasional.